داستان رمان ناگازاکی، از نقطه نظر شخصیتی به نام کوبو شیمورا روایت می شود. کوبو مردی 56 ساله است که به این نتیجه می رسد که زندگی، دیگر از او گذشته است و سال های عمر او رو به پایان است. او تنها زندگی می کند، هیچ وقت یک رابطه ی طولانی مدت نداشته است و نقاط مشترک بسیار اندکی با همکارانش در اداره ی هواشناسی دارد. آن ها با هم برای خوردن ناهار و نوشیدنی، به بیرون می روند و این حس رفاقت میان شان، باعث طرد شدن و انزوای شیمورا می شود. او به جای این کارها، به دنبال پیدا کردن دوستانی در اینترنت می رود و با گویندگان اخبار تلویزیون، صحبت می کند. حتی خانه ی کوبو هم در حاشیه و گوشه ی شهر قرار دارد. هر روز، مثل روز قبل می گذرد و این موضوع، او را تبدیل به مردی بدخلق کرده است و حتی صدای جیرجیرک های پرتعداد شهر نیز، می تواند او را شکنجه ی روحی دهد. با گم شدن برخی مواد غذایی در خانه ی کوبو، این روتین کسالت بار به هم می خورد. او حس می کند که که کسی[یا چیزی]وارد خانه اش می شود و محتویات خوارک ماهی و آب پرتقال او را می دزدد. شیمورا برای تحت نظر گرفتن خانه اش، دوربینی در آن کار می گذارد. اگرچه کوبو بسیار مشتاق است تا این مزاحم را پیدا کند، اما باید دید آیا آمادگی لازم را برای دیدن چیزی که دوربین آشکار خواهد کرد، دارد یا نه.