فصل اول، تکنیکهای مختلف نشانگرهای مولکولی را با تأکید بر جنبههای ژنتیکی توضیح میدهد، زیرا این روشها نوع استفاده از آن را تعیین میکنند. ساخت نقشه های پیوند ژنتیکی موضوع فصل دوم است که در آن مزایا و معایب رایج ترین جمعیت های نقشه برداری مشخص شده است. مورد خاص نقشه برداری از ژن های اصلی، به ویژه به منظور شبیه سازی موقعیتی، در فصل سوم مورد بررسی قرار می گیرد. تشخیص و کاربردهای QTLها برای کنترل بیان صفات کمی در فصل چهارم ارائه شده است که همچنین به مسئله پیچیده شناسایی آنها می پردازد. فصل پنجم بر سهم عمده نشانگرهای مولکولی در تجزیه و تحلیل ساختار و تکامل جمعیت های طبیعی تاکید می کند. در نهایت، مزایای نشانگرها در انتخاب، برای مطالعات تنوع و در زمینه انتخاب به کمک نشانگر، در فصل آخر مورد بحث قرار گرفته است. نویسندگان تلاش کرده اند تا اصول نشانگرها را برجسته کنند.