حوزه ی علمیه ی قم از ابتدای تأسیس تا پیروزی انقلاب اسلامی مقاطع مختلفی را تجربه کرد و با محوریت زعمایش در عرصه های گوناگون سیاسی، فرهنگی و اقتصادی گامهایی به پیش برداشت و یا احیانا در برخی از موارد متوقف شد. شیخ موسس علاوه بر ایجاد برخی تنظیمات، کوشید برای ارتقای حوزهی نوپا، آن را از تنشهای سیاسی دور نگاه دارد و با حزم و دوراندیشی، رژیم را در براندازی آن ناکام گذارد. در مقطع مدیریت مراجع ثلاث، تعدد مدیریت حاکم بر حوزه و تلاش عوامل حکومت پهلوی در تفرقه افکنی بین حوزویان، باعث متوقف شدن این مرکز علمی از ادامهی مسیر شد. آیتالله بروجردی با پذیرش زعامت حوزه، برای سرعت بخشی به تعالی آن و جبران سالهای ازدسترفته، اصلاحات مهمی را در دستور کار خود قرار داد. حوزه ی علمیه در این مقطع با محوریت زعیم خود، در عرصه های علمی، فرهنگی، اقتصادی، بین المللی، سیاسی و اقتصادی به رونق و توسعه دست یافت. مرکز مذکور در دوره ی نهضت، به رغم محوریت زعمای چندگانه به رشدی قابلتوجه دست یافت. در این دوره، فکر و اندیشه ی طلاب و فضلا، به شدت تحت تأثیر نگاه تحولگرای امام خمینی قرار گرفت و پس از تبعید ایشان، شاگردانش این مسیر را پی گرفتند.